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La struttura riproduce in dimensioni più piccole l'oratorio di Santa Maria Maggiore di Albisola Superiore. Ha navata unica con presbiterio quadrato e volta a botte a tutto sesto. L'attuale aspetto è frutto di una sopraelevazione, o più probabilmente un rifacimento, risalente all'anno 1689, operata su un precedente oratorio di epoca imprecisata, la cui esistenza è attesta nei documenti almeno a partire dalla prima metà del Seicento. L'esistenza della confraternita è invece attestata sin dalla seconda metà del Cinquecento. All'epoca la denominazione non era ancora quella di confraternita di San Francesco, ma di disciplinanti di San Bernardo.
In origine lungo le pareti correvano gli scranni lignei ove sedevano i confratelli e sopra l'altare maggiore in marmo risalente al XVIII secolo si apriva una nicchia con la statua lignea del santo titolare. Le balaustre del presbiterio erano in legno e le pareti non presentavano dipinti o decorazioni.
L'oratorio fu gradatamente smantellato e dismesso nel secondo dopoguerra. Gli scranni in legno andarono perduti insieme alla statua di san Francesco tra la fine degli anni quaranta e gli anni sessanta. L'altare fu smontato alla fine degli anni settanta e fu rimontato nella adiacente chiesa parrocchiale come altare maggiore. L'edificio negli anni ottanta venne in parte riordinato modificandone l'utilizzo. Fu creata una paratia divisoria mobile tra il presbiterio, usato come magazzino, e la navata, adibita ad uso ricreativo.
Delle antiche opere presenti si conservano una Croce della Passione e una colonna in marmo acquistata nel 1839 e usata come base per crocefisso. L'edificio conserva in parte il cornicione interno e il pavimento del 1838 a piastrelle ottagonali in ardesia e quadrati in marmo bianchi.
Da documenti di archivio si apprende che nel 1740 fu fatto voto dalla confraternita di fare festa di precetto il giorno di san Francesco (4 ottobre). Nel 1792 la facciata fu rifasciata con lastre di ardesia, mentre nel 1798 vennero fatti rifare due chiodi al crocefisso, forse l'attuale crocefisso processionale detto "piccolo". Nel 1814 fu comprata a Savona la statua di san Francesco dallo scultore Stefano Murialdo. Nel 1842 furono comprati i Canti di argento dell'attuale crocefisso conservato in chiesa dietro l'altare maggiore. Gli stessi furono arricchiti nel 1895 con fiori di argento insieme alla decorazione argentea della croce. Al 1854 risalgono i candelieri in legno dorato, oggi conservati in chiesa.
Tra il 1847 e il 1850 furono realizzati in legno di noce lungo le pareti dell'aula, in sostistuzione degli originali seicenteschi, tutti gli stalli dei confratelli, oggi perduti, dal falegname di Corona, Pongibove Antonio. Nel 1884 fu rifatta in calce la facciata e ripristinata nuovamente nel 1933. Infine nel 1908 vennero comprati i canti in legno del crocefisso processionale "piccolo" e nel 1913 fu rifatto il tetto.
A partire dal 2009 si è iniziato a reintegrare l'antico patrimonio artistico andato perduto, facendo realizzare due nuovi bastoni priorali e una nuova statua raffigurante San Francesco e il Lupo di Gubbio. Tutte le opere sono state realizzate in legno scolpito dall'artista Stefano Arnodo.